El Poblado de Mulegé fue fundado en el año de 1705 por el sacerdote jesuita Juan Manuel Basaldúa en un sitio al cual los naturales llamaban "Caaman Cagaleja" y específicamente al sitio donde se construyó el Templo de la Misión era denominado por los cochimíes como "Mulegé" que significa "Cañada de Boca" Blanca.
Este sitio ya había sido visitado desde el año de 1702 por el sacerdote Juan María de Salvatierra, Juan de Ugarte y Francisco María Piccolo, sin embargo tocó al sacerdote Basaldúa el gran honor de ser el formal fundador de la Misión.
Este sitio, por estar ubicado estratégicamente en la parte Norte de nuestra entidad ha tenido participación sobresaliente en diferentes momentos históricos y debido al arrojo de sus habitantes ha sido denominado "Tres veces heroica".
El primero de estos eventos ocurrió el 2 de octubre de 1847. Durante la época del México independiente, en Mulegé, el capitán Manuel Pineda encabezó la defensa de la soberanía nacional contra el intervencionismo norteamericano, organizando a los habitantes del lugar quienes se condujeron con valentía y heroísmo, la que se llamó la batalla de Cerro Amarillo.
En el año de 1913 un grupo de habitantes de Mulegé libera a Manuel F. Montoya el cual se encontraba preso en la cárcel del lugar por haber realizado acciones en contra de los gendarmes de Santa Rosalía que de forma abusiva sometían a la población mexicana a un trato inhumano. Tiempo después Montoya se convertiría en líder de un grupo armado que intentaría de forma fallida someter a la fuerza militar de Santa Rosalía y en cuya acción perecen Manuel F. Montoya, y Gaspar Vela.
En el año de 1914 as tropas revolucionarias al mando del coronel Pedro Altamirano, planean un ataque, desde el poblado de Mulegé, a la comandancia de la guarnición y tropa federal de Santa Rosalía, lamentablemente este evento no pudo concretarse sin embargo dejó clara evidencia del deseo libertario por parte de los habitantes de esta localidad. Altamirano era originario de San Ignacio, se inspiró en principios liberales, dándose de alta en las tropas revolucionarias, en las que se le otorgó el grado de teniente, sus méritos le permitieron obtener diversos ascensos hasta alcanzar el Grado de Coronel.
Edith González Cruz - Motivaciones y actores de la Revolución Mexicana en Baja California Sur